1926年纽约的魔法世界，危机四伏。某个神秘的力量在街头制造了一连串的破坏，并扬言要向反魔法师狂热组织第二塞勒姆揭露魔法社会的存在，并借他们的手斩草除根。而强大的黑魔法师盖勒特·格林德沃，在欧洲制造了浩劫后消声匿迹，没人能寻得其踪。
魔法动物学家纽特·斯卡曼德抵达纽约时，对这日益严重的紧张气氛毫不知情。他即将结束对神奇魔法动物的研究和营救工作开展的环球之旅。在他看似其貌不扬的魔法皮箱里，其实保护着不少神奇魔法动物。但意外还是猝不及防地发生了，一个叫雅各布·科瓦尔斯基的麻鸡无意间放跑了几个纽特的神奇魔法动物，而此时的纽约魔法界正处于最为动荡不安的时刻，因严重违反保密法令被停职的前傲罗蒂娜·戈德斯坦恩一把抓住这个机会，想重回自己以前调查员的职位。但是，神秘莫测的美国魔法国会魔法安全部长帕西瓦尔·格雷夫斯却同时怀疑上纽特和蒂娜，事态突然变得凶险异常。
自此，不得不合作的纽特和蒂娜，以及蒂娜的妹妹奎妮和他们的新麻瓜朋友雅各布，凑成了一支冒险小队，他们必须尽快找到走丢的神奇动物，以免它们遭受不测。然而，真正的危险，远比这四个上了通缉名单的局外人兼逃犯想象的要严重得多。他们与黑暗势力产生了正面冲突，魔法和麻鸡两界的战争可能因此一触即发
