故事一开始，主角圆堂守就读于雷门国中，一开始雷门是一个很弱的足球学校，而圆堂非常热爱足球，而加入了足球社。但是，社员人数严重不足，而且，帝国学园也向雷门提出友谊赛。圆堂辛苦的招募球员终于找齐了11个人，开始和帝国学园比赛。 于是，由于雷门国中的兴起，雷门国中决定进军“明日之星足球大赛”。经过一番的特训与决斗，雷门打败了拥有神之水的世宇子国中，得到了全国冠军。“时空之石”事件结束后，新一届少年足球世界大会“FFIV2”召开，新生的日本队当然不会落后。在圣光之路大赛足球场举办全新闪电日本选拔但是作为日本代表出赛的队中除了天马、剑城以及神童外却有许多生面孔。但是就在他们预选赛决赛中胜利时，突然在圣光之路大赛足球场出现一艘宇宙飞船，并且出现了一个名为彼特威·奥兹洛克是由银河联邦评议会派遣告诉天马他们是地球足球代表队“地球十一人”参加“伟大蔚蓝银河”足球赛，当天马等人得知真相后，决定去银河参加这场大赛来守护地球，一场赌上星球命运的战斗即将开展。
