档案一：北京狂情
案情：王浩生一方面和情妇蓝青布下天仙局勒索石少维，一方面以过失害人的把柄威胁并霸占宁倩华。宁倩华的恋人何志宏掳走与宁倩华长的一模一样的高婕，决定利用她的身份调包将宁倩华救出北京，却被王浩生撞见，打斗中宁倩华杀死王，高婕成为疑凶。宁倩华来到香港后，身份被高敏识穿，于是何志宏又决定谋杀高敏灭口。
档案二：幻海情缘
案情：郭树新抛弃了怀孕的郑素心，郑素心嫁给吕世豪后，生下郭树新的女儿吕展眉。郑素心死后，吕世豪思妻心切，酒后误将吕展眉当成郑素心强奸了她。郭树新知道后，以此勒索吕世豪。吕展眉假意委蛇于吕世豪，却设计将他害死，嫁祸给生父郭树新并杀死了他。
档案三：目露凶光
案情：美食家王定邦决定和妻子离婚，与情人沈若玫在一起，却不幸被美食厨艺大赛的选手余碧玲间接害死。沈若玫决定为王定邦报仇。她假意接近余碧玲，将其骗至清水湾的家中杀害，又利用搬运工人将她的尸体运回余碧玲自己美景湾的家中。而一向与余碧玲不和的朱秀筠则成为杀人嫌疑犯。
档案四：爱恨纠缠
案情：柏恩霖勾引姐夫许伟廉与之发生关系，被姐姐柏恩桐和男朋友蔡志剑发现。柏恩桐和蔡志剑一气之下来到澳门，却被柏恩霖和许伟廉误以为他俩有奸情。蔡志剑为了柏恩霖亏空公款，而柏恩霖却卷钱潜逃，蔡志剑一怒之下杀了柏恩霖，并准备杀许伟廉，反被许伟廉失手杀死。柏恩桐深爱丈夫许伟廉，于是千方百计为他隐瞒。最后许伟廉逃跑时撞车身亡。
档案五：密室奇案
案情：程守安幼时因为保护弟弟程守望而被继母打成痴呆，并且一看到蝴蝶就会发狂。司徒莎莎的母亲决定与丈夫的弟弟司徒亮私奔遭拒绝，后因为蝴蝶丝巾不幸被程守安杀死。程守望替兄长布置成密室自杀案。十八年后，高级督察詹百鸿的儿女詹翠儿又因为带蝴蝶饰品而被程守安发狂杀死。程守望因为维护哥哥，所以不得不撒谎误导警方。结案后，程守安被判无罪，詹百鸿酒后醉言，派人进精神病院将程守安推下高楼害死。
档案六：谁明浪子心
案情：莫咏希在婚前被叶威强奸，嫁给钟文恺后生下叶威的儿子波波，并被叶威勒索。莫咏希找以前在外国时的男朋友张日飞帮忙，反被钟文恺误会他俩有奸情。波波车祸死后，钟文恺更以为波波是莫咏希和张日飞的私生子。钟文恺在悲痛之际与麦可卿发生了关系，两人更进一步合谋杀死了莫咏希和张日飞。
档案七：魔法幻影
案情：大富商翁文玮强奸了丁汉昌的妻子梁秋怡，并使梁秋怡生下女儿丁小容，由丁氏夫妇抚养。丁小容慢慢长大，丁汉昌越发自卑，再加上生意失败而翁文玮不肯借钱，于是决定报复。丁汉昌绑架了丁小容和翁文玮的儿子翁家勤，并千方百计使警方认为绑架者是翁家勤。得到赎款后，丁汉昌又想放火烧死丁小容和翁家勤灭口。
档案八：夺命神棍
案情：谭志朗的父母因为相信邪教天玄社，延误治病而死。谭志朗学医归来，见牛背洲的居民仍然受天玄社的荼毒，于是决定铲除天玄社。他分别用水淹、火烧、土埋的方式计划杀死了天玄社创始人云告天的两个孙女和私生女彩虹，以应验天玄社的毒咒，后又杀死了知情人熊健日以及云告天本人。云告天外孙曹向东早知谭志郎是凶手，但他故意替他掩饰罪证，好让他继续杀云家的人，而自己则可以继承遗产。
档案九：爸爸对不起
案情：陆国基在越南战争时得到一颗宝石，因为得之无道而一直心神不安，便送给了战友方崇业，从此消失。陆国基的儿子赵竟成和妻子娴姐以为方崇业害死了他，决定报仇。赵竟成长大后娶了方崇业的女儿方念晴，并与方崇业的助理Erica勾搭成奸。后赵竟成得知方崇业的新夫人蒋瑶是女同性恋，且情杀过林小蔓，于是让Erica勾引蒋瑶，并说服她一起杀害了方崇业，后又杀死蒋瑶让其当替死鬼。最后警方发现陆国基居然没死。娴姐知道错杀了好人，于是杀了Erica灭口，而自己则替儿子赵竟成顶罪。
档案十：幕后玩家
《刑事侦辑档案III》剧照
案情：在“密室奇案”后，詹百鸿酒后醉言让胡坚和和陈泰杀了白痴程守安替女儿报仇，却从此被他俩勒索，詹百鸿不得不在“魔法幻影”案件中偷走赎款，并以拒捕罪名开枪杀死丁汉昌。最后詹百鸿忍无可忍，杀了陈泰并夺走他在“爸爸对不起”案件中绑架方崇业得来的钻石，却不幸被柏恩桐看见，于是詹百鸿下毒害死她灭口。此后他又杀死胡坚及其情妇Hellen灭口，打伤翟永田，并企图嫁祸张大勇。
