公元一八七四年，同治帝驾崩，慈禧（欧阳佩珊）为了能继续垂帘听政，毅然册立醇亲王刚满四岁之子为帝，是为德宗光绪帝（汤镇业）。成年后的光绪欲励精图治却无法拥有实权，甲午战败之后虽有意起用民间有识之士康有为等实施变法，却被慈禧残酷镇压，光绪求助袁世凯反被出卖，被软禁瀛台，其爱妃珍妃（戚美珍）亦被打入冷宫。此时八国联军攻入京城，慈禧决定弃城而逃，光绪宁死不逃，珍妃跳井身亡！及至此时，慈禧病重，为防止光绪重掌政权，决定处死光绪，立宣统傅仪为帝。三岁即位的傅仪在当皇帝的游戏中长大。此时清朝大势已去，但傅仪（严秋华）却一心想复辟，设计逃离紫禁城，事败！不久北洋军阀混乱，直系吴佩孚手下冯玉祥突然倒戈相向，直抵紫禁城，逼傅仪离开，至此，中国两千多年的封建帝制宣告结束。
1987～1992年香港亚洲电视公司根据正史与民间野史编写了这部剧集，并动员亚洲电视的大部份艺员拍摄。 其实，该剧名“满清十三皇朝”指的努尔哈赤建立的后金国与之后清朝的共十二位皇帝。（包含十一代，同治帝和光绪帝为堂兄弟）。不过因为该剧认为皇太极（清太宗）建立了天聪与崇德两个朝代（应该为年号），故将拥有十二个皇帝的清朝，称为“满清十三皇朝”
