根据传说，能收集到七颗混沌翡翠(Chaos Emerald)就能获得强大的力量，邪恶天才科学家蛋头博士(Dr. Eggman)企图利用这股力量统治世界，但索尼克(Sonic the Hedgehog)却总是破坏他的计划。在一次的对决中，索尼克把蛋头博士的机器弄坏了，而蛋头博士博士在混乱之下，不小心按到机器的开关，使得故障的机器启动了混沌制御器(Chaos Control又译混沌控制)，造成时空扭曲，把索尼克与他的伙伴们送往另一个世界。在这个世界，索尼克认识了一名叫克里斯的少年，与之成为莫逆之交，也在克里斯的帮助下，找回失散的同伴，但蛋头博士仍无放弃征服世界的野心，再度与索尼克展开死斗。
《刺猬索尼克》在故事剧情上冒险比《刺猬索尼克历险记》更富有冒险性、刺激性和黑暗性，但仍然适合小朋友的层次，在青少年层也颇受欢迎，该片虽然早已停播，但仍然有许多人会在网络上观赏影片以回忆童年，故事是发生在一个名为莫比乌斯（Mobius，台译“莫比耶斯”）的星球上，有一个快乐、和平的君主立宪体制国家橡果王国（Kingdom of Acorn），里面住着许多有类似动物造型的居民，各各都和自然和平相处，橡果王国的首都是最大的城市——莫比城（Mobotropolis，台译“自动城”），她的人民效忠于橡果皇室家族（Acorn house），和国王为马克西米连·橡果（King Maximilian Acorn）
当初帝国以前曾经发生过大战（great war），起因是人类在造访此星球之后，长期以来都一直和此地居民互动，但后来发生了冲突，最后演变成大战。其中，人类联邦军队中的高级官员——伊沃家族（Ivo house）的朱利安‧肯特伯博士（Ivo Julian Kintobor）因为对于莫比乌斯人民的同情，而叛逃了军队加入橡果的阵营，他以他自己的高超智慧和过人的功绩取得了军事领导权，创造出高智慧型自主行为战斗机器人——强械兵（SWATbot），同时为国防科技提供伟大贡献，最后他成功的击退了人类军阀，并以和谈结束了大战，因为他的功劳使的国王对他极信任，并任命他成为行政内阁院署国防部部长兼三军统领大元帅的职位
但是虽然他极有功，却野心极大，也很希望能得到足够的报酬，这使得原本对国王效忠的他最后越来越不满。在一次行动中为了保护国王，在火箭攻击中他挺身拯救国王，却也失去了双眼和耳朵，脑部也受损，从此只能靠机器来接受听觉和视觉，并且无法生头发，同时它的心神也逐渐的丧失理智，开始往黑暗的深渊走去
过了不久，国王和国会达成共识，决定要裁减国防支出，并且回收许多强械部队，此举令朱利安大不满，因此和他的侄子——斯内弗里（Snively，台译“史尼利”）终于发动军事政变，将国王驱逐，消灭许多皇室成员，强力解散国会和内阁成立共和专制体制，建立了自己的大帝国，他将整个莫比城以及许多地方大量工业化，形成许多个重工业都市，大兴土木，毁灭自然生态，并且抓走了所有的市民，将他们生物机械化（robotnize）变成机器人以抵制任何反抗行动，而朱利安也自名为罗伯尼克博士（Dr.Ivo Julian Kintobor Robotnik，简称：Julian Robotnik或Dr.Robotnik，台湾配音版翻译成“机械王博士”）橡果王国的和平和快乐被彻底的荼毒，皇室被驱散，国王行踪也消失
侥幸逃过一劫的市民集结起来，在世界各地还未被征服之地组成一个个的地下游击组织，和罗伯尼克博士的暴政对抗，恢复莫比乌斯帝国，其中，以位于南方大森林（Great forest）的一个极为隐密的村庄——诺索尔（Knothole，台译“诺索尔”）的自由斗士（Freedom Fighters）势力最大，由于地区极为隐密而且地形不明，因此蛋头博士长期以来视此为眼中钉，并要把这地方给找到，后来在一次诺索尔的游击行动失败，部队首领被抓去机械化，于是诺索尔的革命党新继任领导者──橡果王国公主莎莉‧橡果，以及超音速英雄——刺猬索尼克（Sonic the hedgehog）引领下继续完成复兴王国的行动，并推翻罗伯尼克博士的暴政。
