该片讲述了小丸子上幼稚园和小学低年级的故事，大家已经熟知了这个俏皮、童真、聪慧、富有创意又缺点一大把的女孩子。而在第二部中，小丸子已经升入了三年级。故事自然还是围绕着她在生活和学习中与家人、朋友、老师、同学之间发生的一桩桩有趣的情景展开，有关于亲情、爱心以及同学之间的友情。 [3] 或是一些生活小事，但当中有笑有泪，令人回想起童年的稚气。最特别的，当在故事人物尴尬时的招牌表情，会突然出现在脸上的黑线，有时还会伴随着一阵寒风从头后吹过。
大野和杉山，正在上小学三年级。他们是班上最调皮的男生，也是最最要好的好朋友。他们每天都一起度过，一起抢同学的水果，一起嘲笑老古董的班长，一起赶昨天的功课大肆抄袭。虽然他们有时候对同学很凶，经常指挥大家做这做那，可是他们也作了很多好事，班级除草的时候，他们最卖力，铲除了最顽固的草根；运动会的时候，他们默契的配合成为班级获胜的关键，并且还是班上的运动健将。
来自意大利、中国、美国等六个地区的小孩子将拜访樱桃小丸子的家乡清水市，小丸子将会和他们一起去东京和大阪。其中，来自意大利的一位小正太安德烈喜欢上了小丸子并向她表白。一向走脱力系路线的丸子同学也忽然变得羞涩起来，在与意大利少年的交往中不断了解到少年成长背后的家庭故事，小丸子与少年也逐渐交心，可是，少年毕竟不属于日本，终有离别的日子，小丸子刚刚恋爱，就失恋了。
