距离地球6万光年的遥远星球——行星Zi，帝国军和共和国军上一次的大战结束了有20年。在那里，人类开辟了被称为殖民地的小村庄，过着平淡而和睦的生活。在广大的沙漠地带，以前战争的废墟和城市的遗迹依然留存着已经不能动的Zoid。 主人公小邦被操纵野生Zoid的强盗集团追杀。逃入附近的一处遗迹后，他偶然发现并打开了遗迹中疑似容纳有Zoid的奇怪容器。从容器中出来的是被称为Organoid的有着特殊能力的Zoid奇克和一位叫做菲妮的神秘少女。在奇克的帮助下，小邦驾驶上了遗迹附近原本已经石化的重装长牙狮并战胜了强盗。为了不让自己的村子因为有着特殊能力的奇克受到牵连并寻找传说中的“Zoid Eve”，小邦和菲妮离开村子并开始了冒险之旅。然而，等待他们的是对奇克的特殊能力虎视眈眈的帝国军和共和国军。
在遥远的Zi星球，生命是由金属构成的，经过上亿年的进化，出现了各种生物，也进化出了智慧生命：Zi星人。Zi星人对这些机械生命体进行改造，用于各种用途，当然，不可避免的，一部分被 ZOIDS机械模型(17张)改造成为战斗用的机械兽。这些机械兽被称为ZOIDS。 一次飞行事故，使得一艘地球飞船迫降到Zi星球。地球人有着比Zi星人发达的文明，他们的到来使得对于ZOIDS的改造有了彻底的改变。在Zi星1980年，对立的两个国家海立克共和国和赛奈巴斯帝国展开了激战，双方都加快了战斗性ZOIDS的开发。ZOIDS的近代史由此展开。
剧场版：在行星Zi上，一心希望成为象父亲那样成为优秀的zoids机师的少年邦，同欧卡诺（Organoid）奇克和神秘少女菲妮一起踏上找寻zoids eve的旅途，并粉碎了帝国首相普罗因兹企图控制帝国，占领共和国的野心。
