宁采臣（张国荣饰）赴郭北县收账，逢大雨，躲入传说纷纭的兰若寺投宿一宿，但为寺内道士燕赤霞（午马饰）所拒，于是宁采臣偷偷潜入寺中。入夜，宁采臣被一阵琴音所吸引，邂逅少女聂小倩（王祖贤饰）。聂小倩突露杀机，幸燕赤霞赶到，救下宁采臣一命。聂小倩感其正直善良，逐渐心生爱意，但被燕赤霞阻止。宁采臣却误认燕赤霞为杀人犯，欲与聂小倩逃走。

树妖姥姥（刘兆铭饰）逼聂小倩杀宁采臣，但聂小倩始终不肯，于是姥姥命众魔欲杀宁采臣与聂小倩，燕赤霞出现救下二人，树妖姥姥与燕赤霞大战之后被其掌心雷封印了一百年。

此时宁采臣才得知聂小倩原来是一个幽魂，因尸骨被弃荒野而受姥姥所控制，每夜四处寻找壮男为姥姥吸取阳精，增益延寿。为免聂小倩再次受辱，宁采臣答应将其尸骨送回乡间安葬转世投胎。不料聂小倩却被地府老妖抢去为妻。燕赤霞经不住宁采臣苦苦相求，决定再次出手，终于救回小倩