“爱丽丝”是特殊能力的代称，拥有爱丽丝的人可以做到一些平常人做不到的事情。“爱丽丝学园”就是专门为拥有“爱丽丝”的人开设的特别人才学校。佐仓蜜柑和今井萤是一所乡间小学的同学，并且是非常要好的朋友。有一天小萤突然决定转学，蜜柑无论如何都无法接受，事后才知道小萤是为了救助即将被合并的学校做的决定。小萤要去的学校很特别，只招收具有特殊能力的人，一旦入学直到毕业才可以离开学校。分开后蜜柑基本上得不到小萤的消息，于是离家出走，只身一人来到东京的“爱丽丝学园”。到达学园后蜜柑发现自己根本无法进入，在围墙外徘徊险些被人贩子拐走时遇到了学园的鸣海老师。鸣海老师发现自己的能力对蜜柑没用，遂发现蜜柑拥有“无效化爱丽丝“，于是让蜜柑入学。入学后蜜柑被以日向枣为首的同班同学排挤，更是被评定为无星级，甚至不能跟校外的从小收养自己的爷爷联系。但蜜柑并没有认输，凭借着自己的毅力和今井萤等人的帮助，逐渐得到大家的认可，和学生们建立了深厚的友谊。在学园里，蜜柑与小萤、枣、流架等同伴们经历了一系列不可思议的事件，发现了学园内多年隐藏的秘密，并解开了自己的身世之谜。而在学园内的生活中，蜜柑与枣和流架这对好友的关系也微妙地进行着。