隋朝末年，隋炀帝杨广好大喜功，内外失政，以致人心尽失，群雄割据，烽烟四起，形成一发不可收拾之乱局。

寇仲和徐子陵，原是两个无父无母流浪天涯的小混混，仲为人机灵多计、重情重义、雄心壮志、不甘平凡；陵则为人忠厚纯朴、感情细腻、甘于淡泊。两人自少同甘共苦，互相扶持，是一对生死不离的好兄弟。

机缘巧合之下，仲和陵得到了武林中人梦寐以求的武功奇书“长生诀”，“长生诀”是打开“杨公宝库”关键，此宝库藏有江湖中人梦寐以求、可令人称霸武林的"邪帝舍利"，双龙因此惹来大野心家宇文化及的连续追捕。

而“长生诀”的物主，来自高丽的女刺客傅君婥，为取回“长生诀”把双龙擒住，却发现双龙是练“长生诀”内功的最佳人选，遂逼令双龙练“长生诀”，而双龙亦利用傅君婥来逃避宇文化及的追杀。双方初时互相利用，但经历过共患难的一段日子后，彼此之间竟生出真挚的“母子”感情。傅君婥为了保护寇仲、徐子陵，死于宇文化及刀下。两人悲愤之余，立志学好武功，发誓必杀宇文化及，替傅君婥报仇雪恨。

双龙练成“长生诀”初级，踏足江湖，被魔门阴癸派首徒婠婠探知“长生诀”在双龙身上，遂引来江湖人士的缠扰追杀，险死还生。寇仲和徐子陵非但多次大难不死，"长生诀"内功加上学来的武功招式，武功反而大增。

寇仲偶遇李世民的妹妹李秀宁，被秀宁之美貌深深吸引。为了赢得美人归，寇仲决意投效于李阀门下。寇仲通过秀宁，同时结识宋阀二小姐宋玉致，因性格关系，两人成了斗气冤家，但感情却在不知不觉之中渐渐滋长。

徐子陵方面，邂逅了“慈航静斋”圣女师妃暄，被其超尘脱俗之气质吸引，却因暄身负圣女身份，不能涉及儿女私情，两人有缘无份。同时，徐子陵被魔门妖女婠婠缠上，婠婠对子陵大感兴趣，对其缠绕不休，既为套取“长生诀”及“杨公宝库”所在，亦对子陵生出真情，子陵周旋于圣女与妖女之间，矛盾重重。

双龙凭当日傅君婥曾带二人至宝库的记忆，以鲁妙子遗下的线索，悟出了宝库的入口所在。但黄雀在后，宇文化及在双龙打开宝库后，中途拦截，幸好双龙今非昔比，武功比宇文化及高，合力把宇文化及重创逼退。而双龙勘破库中有库，进入到底部的真正邪王墓，以"长生诀"功力打开机关，释放了“邪帝舍利”武功精元，不料同时引动了冰封的邪王石之轩复活，双方争夺舍利，双龙吸了舍利中的七成功力，石之轩得三成，不敌双龙而遁走。同时，柴绍得悉寇仲得到真正的宝库，感到寇仲的威胁，但秘而不宣地向秀宁施压催婚，秀宁为家族利益，终下嫁柴绍。寇仲对秀宁的感情彻底绝望，化悲愤为力量，加上得到"邪帝舍利"蕴藏的武功精元，寇仲争霸的野心更大，誓要击败李世民。

但此时杨虚彦为了唤醒邪王石之轩的魔性，不惜暗杀石之轩的女儿师妃暄。子陵誓死保护师妃暄，二人并试图引导石之轩向善，但石之轩终于利用"邪帝舍利“练成魔门高深武学不死印”，成为正派大患。寇仲斗心日盛，以“邪帝舍利”功力急速提升武功，又行刑苛军法，霸气渐露，子陵深怕仲受"邪帝舍利"的影响，走上专横霸主之途，欲助寇仲便夺得“和氏璧”，以“和氏璧”的正气来抵消“邪帝舍利”的霸气。

双龙查得“和氏璧”收于静念禅院，与世民为争夺“和氏璧”，其间魔门中人加入争夺战，师妃暄及秀宁为免“和氏璧”落入魔门手中，从中调停寇仲与世民合作，联手对抗魔门中人，结果"和氏璧"在正邪击战中粉碎，双龙吞下“和氏璧”粉末，功力大增，击败了邪王石之轩及阴后祝玉妍。寇仲因“和氏璧”之功力遏制了“邪帝舍利”乖戾之气，变得心境清明，终于接受子陵、师妃暄以及秀宁的劝说，放弃争霸之心，决助李世民统一天下。