平凡的小学三年级的小学生高町奈叶和一个来自为太古遗产进行挖掘而来异世界米德芝尔达的尤诺·斯克莱亚的魔法邂逅下，成为了与尤诺一起对平行次元中存在的高度科技的文明的遗产——“圣石之种”进行收集的魔法少女。主角高町奈叶是个平凡的小学三年级女生，与好友在如同日常作息的前往补习途中，发现了从异世界米德其路达来的雪貂尤诺·斯克莱亚。他利用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的理由是为了回收他所挖掘到的太古遗产（平行次元中的高度文明的遗产）“圣石之种”。奈叶为了保护可能因为圣石之种暴走被破坏的城镇，决定代替尤诺出面回收。不料，这却只是一连串事件的开端。他们遇见，与他们一样目的，因为回收圣石之种而出现的谜样金发少女魔导师到底是