宇宙世纪0096——。引发新吉翁与地球联邦军之间战火的事件“夏亚的逆袭”过后的第三年。 　　住在工业殖民地「工业七号（Industrial 7）」中的少年巴纳吉·林克斯（Banagher Links）与一名自称是奥黛丽·本（Audrey Burne）的神秘少女相遇。奥黛丽声称她正在阻止毕斯特财团将「拉普拉斯（Laplace）之盒」转交给被称为「袖章」的新吉翁残党，这一将会引发一场新战争的行为，巴纳吉决定帮助她。然而殖民地在「袖章」和同样想阻止交接的地球联邦军之间的战斗爆发后变成一片战场。正当被卷入战火的巴纳吉寻找奥黛丽时，他与「拉普拉斯之盒」的钥匙——机动战士独角兽（Unicorn）命中注定般地相遇了。