在纽约市的下水道之中住着四只忍者龟。当它们认识了一名正义的电视记者之后，便帮助他四出打击犯罪，成为城市英雄。故事的主角是四只乌龟，因沾染伪装在地球的外星人公司的药物基因变异，跟随他们的老师，一个叫滨户良的忍者大师，因为沾染了同样的变药物基因而变异成的老鼠居住在下水道。以此同邪恶的忍者斯雷德和外星人朗格进行战斗。因为忍者龟的老师非常喜欢艺术，所以用了四名知名艺术家的名字来给他们命名，分别是使用双刀的达芬奇、擅长双叉的拉斐尔、用长棍的多纳泰罗和最爱搞笑的双截棍高手米开朗基罗。