隶属于科学特搜队（简称：科特队）的早田进队员在驾驶飞机巡逻时，发现一个红色球体正在追逐着蓝色球体，红色球体无意中撞上早田的飞机，早田因此牺牲。本已牺牲的早田被吸进红色球体内，遇到了来自M78星云的奥特曼，并得知其为追击宇宙怪兽·百慕拉而来至地球。奥特曼为补偿早田遂决定与其合为一体，并将自身生命赋予早田。于是，两者便开始协同科学特搜队与怪兽及宇宙人展开了激烈的地球保卫大战。